偶然か、あるいは必然か──とある出会いから死神の力を手にし《死神代行》となった黒崎一護は、現世で死した魂魄が集う場所・尸魂界（ソウル・ソサエティ）の動乱に巻き込まれ、熾烈な戦いの中、仲間と共に大きく成長を遂げてきた。そんな一護の暮らす空座町（からくらちょう）で異変が起こる。新たなる死神と、新たなる敵の出現。そして救いを求める声。一護は再び斬魄刀を取り、戦場へと旅立つ。一方、尸魂界では、現世における突然の虚（ホロウ）の連続消失が観測され、この地へ導かれた魂が暮らす流魂街での住民達の失踪が発生、さらには死神たちの住む霊屋・瀞霊廷が賊軍に襲撃される。賊軍の正体は、滅却師（クインシー）の始祖・ユーハバッハが率いる《見えざる帝国（ヴァンデンライヒ）》。《見えざる帝国》は、死神たちに宣戦布告する。5日後、尸魂界は“見えざる帝国”により殲滅される千年の長きにわたり死神たちが背負っていた因縁。その宿業と秘められた真実がついに紐解かれる。全ては終焉へ。黒崎一護の、最後の戦いが始まる――。